Schifffahren und Segeln bieten wahrscheinlich die beste Möglichkeit, die Donau zu erleben. Nur so kann man die große Kraft des Flusses und seine Macht spüren, seine Launen und Tücken, aber auch seine Farben und seine einmalige Schönheit. Außerdem kann man so alle Sehenswürdigkeiten, die entlang der Donauufer liegen, aus einer besonderen Perspektive kennenlernen.
Schon seit alters her ist die Donau eine der wichtigsten Wasserstraßen in Europa. Heute stellt die Donau zwischen Regensburg und ihrer Mündung ins Schwarze Meer den sog. Paneuropäischen Verkehrskorridor VII dar. Dank dem Rhein-Main-Donau-Kanal verbindet sie den Rotterdamer Hafen mit dem Schwarzen Meer. Als Großschifffahrtsstraße ist der Verkehrskorridor VII selbst für große Flussschiffe geeignet.
In allen Donauländern gibt es mehrere Kreuzfahrt- und Segel-Routen. In Deutschland wird beispielsweise eine traditionelle Donaurundfahrt auf dem Nostalgieboot Donauarche angeboten oder Sightseeing-Touren auf der Donau mit der Regensburger Kristallflotte - luxuriösen Schiffen mit Swarovski-Kristallelementen. Besonders beliebt sind jedoch Schiffstouren durchs Altmühltal und durch den Donaudurchbruch im Naturschutzgebiet Weltenburger Enge.
In Österreich erfreuen sich die Schifffahrten durch die Schlögener Schlinge und durch das Wachau-Tal großer Beliebtheit, genauso wie die Donaurundfahrten von Passau über Linz bis nach Wien.
Eine der interessantesten Schiffstouren in der Slowakei bietet den Gästen die Möglichkeit, die Mündung der March in die Donau und die Burg Devín (auch: Burg Theben) zu sehen. Empfehlenswert ist auch die Fahrt auf dem Katamaran Twin City Liner, der die Stadtzentren von Bratislava und Wien miteinander verbindet und die Strecke drei bis fünfmal täglich in jede Richtung fährt.
In Ungarn bieten die Budapester Brücken von der Donau aus gesehen einen unvergesslichen Anblick. Beliebt sind auch die Schifffahrten durch das Donauknie, eine der schönsten Flusslandschaften in ganz Ungarn. Darüber hinaus bieten ungarische Reiseveranstalter mehrere Schiffstouren ins Ausland, wie z. B. die Romantische Donauschifffahrt von Budapest bis nach Nürnberg über Wien und durch das Wachau-Tal oder die Donauwalzer-Kreuzfahrt von Budapest bis nach Passau.
In Kroatien sind vor allem die Kleinstädte Vukovar und Ilok einen Besuch wert, während es in Serbien unterschiedliche interessante Routen gibt, darunter auch solche, die den Gästen die Möglichkeit bieten, die Landeshauptstadt Belgrad zu besichtigen. Die Hauptstadt Serbiens ist eine Zwei-Flüsse-Stadt, die an der Mündung der Save in die Donau liegt und von faszinierenden Landschaften umgeben ist.
Rumänische Reiseveranstalter bieten eine ganze Reihe von Donauschifffahrten an. Einige davon führen in die großen Städte an der Donau, während die anderen in Richtung Donaudelta fahren. Die Donaurundfahrten in Bulgarien bieten den Gästen die Möglichkeit, den Persina-Naturpark mit seinen Flussinseln, z. B. Persin und Golyama Berzina, zu besichtigen.
In allen Donauländern kann man natürlich auch mit Privatbooten auf der Donau fahren und dabei seine eigene Reiseroute im Einklang mit persönlichen Wünschen und Interessen zusammenstellen.