Die Donau fließt durch zahlreiche Landschaften und Klimazonen mit vielfältiger Tier- und Pflanzenwelt. Viele Flussabschnitte zeichnen sich durch eine außergewöhnlich große Artenvielfalt aus, wobei einige besonders bedrohte Lebensräume unter nationalem oder internationalem Schutz stehen.
Geschichte, Denkmäler, Kultur, Tradition, Weinbau, Gastronomie - alles, was die Donau so einzigartig macht, ist der Natur zu verdanken: ihre geographische Lage und ihre natürliche Vielfalt, ebenso wie ihre Bedeutung und ihre Symbolträchtigkeit. Die Donau ist nicht nur einer der wichtigsten Flüsse der Welt, sondern auch einer, dessen Schönheit, Stärke und Wandlungsfähigkeit niemanden unbeeindruckt lassen. Vom Schwarzwald und den westeuropäischen Gebirgen, über die Pannonische Tiefebene und die Ausläufer der Karpaten, durch viele Schluchten und Engstellen, die Besucherinnen und Besucher werden überwältigt sein von der Naturvielfalt, von den verschiedenartigen Tier- und Pflanzenarten und von zahlreichen anderen Naturschönheiten.
Die bekanntesten Landschaften in Deutschland sind die Nationalparks im Bayrischen Wald, das bayrische Donautal und der einzigartige Naturpark Obere Donau - wo die Donau das Kalkgebirge der Schwäbischen Alb durchbricht.
Das Nachbarland Österreich ist nicht nur für die Flusslandschaft Wachau berühmt, sondern auch für den Nationalpark Donau-Auen mit seinen märchenhaften Landschaften und der bunten Tier- und Pflanzenwelt.
In der Slowakei kann man nicht nur die Naturparks entlang der Donauufer besuchen, sondern auch die Berge der Kleinen Karpaten erkunden, und zwar auf eine ganz besondere Art und Weise. In Stupava, in der Nähe der slowakischen Hauptstadt, bietet die Schafsfarm „Biofarm Priroda“ (Biofarm Natur) den Besucherinnen und Besuchern die Möglichkeit, auch selbst aktiv zu werden: beim Melken von Ziegen und Schafen, bei einer Kutschfahrt oder beim Ponyreiten.
Ungarn ist größtenteils in der Pannonischen Tiefebene gelegen, weshalb die Donau hier meist durchs Flachland fließt. Dies gilt auch für das berühmte Donauknie, wo man ebenfalls zahlreiche Naturparks besuchen kann. Gemenc beispielsweise ist ein einzigartiges Waldgebiet zwischen den Städten Szekszárd und Baja - außer zahlreichen Vogel- und Tierarten leben hier auch verschiedene Amphibien und Reptilien.
An der kroatisch-serbischen Grenze befindet sich eines der schönsten und am besten geschützten Feuchtgebiete Europas. Unversehrte Natur, weitläufige Wasserlandschaften und verschiedene Wildtierarten locken Touristen aus aller Welt an, die mit Panoramabooten, hoch zu Ross oder zu Fuß die Umgebung erkunden können.
Neben den unbedingt sehenswerten Nationalparks Fruška Gora und Eisernes Tor (Đerdap) sollte man in Serbien u. a. auch die Große Kriegsinsel (serb. Veliko ratno ostrvo) in Belgrad besuchen. Diese Flussinsel liegt unmittelbar an der Mündung der Save in die Donau, im breiteren Teil des Flusslaufs, direkt unterhalb der Belgrader Kalemegdan-Festung. Obwohl sie nur ein paar Hundert Meter vom Stadtzentrum entfernt ist, stellt diese Insel einen Naturpark mit einer reichen Tier- und Pflanzenwelt dar, in einer stillen und ruhigen Umgebung, die heute noch unverändert geblieben ist.
In Bulgarien gibt es vier Naturschutzgebiete in unmittelbarer Nähe der Donau: Persina, Srebarna, Kalimok-Braschlen und Russenski Lom. Obwohl sie alle auf die eine oder andere Art und Weise einzigartig sind, kommt dem Srebarna-See ein Sonderstatus zu, da er auf der Liste des Weltnaturerbes der UNESCO steht. Der See liegt an der Via Pontica, einer Vogelzugroute zwischen Europa und Afrika, die zugleich Hunderte verschiedener Vogelarten (zu unterschiedlichen Jahreszeiten) beherbergt. Um diesen geheimnisvoll anmutenden See ranken sich viele Legenden über seine Entstehung und die Herkunft seines Namens („Silbersee“ auf Bulgarisch).
Das Grenzgebiet zwischen Rumänien und Serbien ist einer der schönsten Naturparks entlang der Donau - das Eiserne Tor (serb. Đerdap, rum. Porțile de Fier), wo sich der Fluss seinen Weg durch die Berge eingeschnitten hat. Einer der größten Naturschätze Rumäniens ist jedoch das Donaudelta, das sich auf der Liste des UNESCO-Weltnaturerbes befindet. Kurz bevor die Donau in das Schwarze Meer mündet, verzweigt sie sich in ein Delta, das sich auf mehr als 4000 km2erstreckt. Dank dem Einflus des mediterranen Klimas beherbergt es 23 natürliche Ökosysteme, mehr als 300 Vogelarten und Dutzende von Tier- und Pflanzenarten.